Budowę świątyni rozpoczęto około roku 1342 i kontynuowano przez kilka lat, wynosząc mury prezbiterium na wysokość ponad 10 metrów. Po tym czasie nastąpiła przerwa w budowie, którą wznowiono pod koniec lat 60-tych XIV wieku – zmieniono wtedy też koncepcję wyglądu świątyni: pierwotnie planowany korpus halowy (wszystkie nawy równej wysokości), zastąpiono bazylikowym. Legenda mówi, że do podjęcia budowy kościoła skłoniło króla Kazimierza Wielkiego szczególne zdarzenie. Miał on odnaleźć w sposób cudowny hostię wraz z monstrancją, którą złodzieje ukradli z kolegiaty Wszystkich Świętych podczas oktawy Bożego Ciała, przypuszczając, że jest ze złota. Budowę zakończono w 1405 roku, w tym samym roku król Władysław Jagiełło sprowadził do Krakowa Kanoników Regularnych Laterańskich z Kłodzka, którzy przejęli pieczę nad kościołem Bożego Ciała. Wnętrze świątyni wywiera niezapomniane wrażenie na każdym, kto wstąpi do środka. Jest połączeniem surowej gotyckiej architektury z barokowym przepychem rzeźbiarskim. Przy jednym z filarów nawy głównej znajduje się przepiękna późnobarokowa ambona o kształcie łodzi, unoszonej na falach, podtrzymywanej przez dwie syreny i delfiny. W tęczy oddzielającej nawę główną od prezbiterium, ulokowana jest XVIII-wieczna figura ukrzyżowanego Jezusa, z figurami Matki Boskiej i św. Jana oraz Marii Magdaleny po bokach. Ojciec Święty Jan Paweł dnia 24 stycznia 2005 roku podniósł kościół do godności Bazyliki Mniejszej.
Kościół na Mapie: