O Dziekanowicach, leżących około 20 km od Krakowa, wspomina już Jan Długosz w swoim Liber beneficiorum. Kościół był dwukrotnie rozbudowywany. Ze względu na styl romański mógł powstać w okresie pomiędzy XI a XII wiekiem. Obecna nawa główna powstała w wyniku rozbudowy kościoła w wieku XVII i XVIII. Prowadzone w 1957 roku badania warstwowe wewnętrznych ścian kościoła doprowadziły do rewelacyjnego odkrycia, odsłaniając fragmenty starych romańskich polichromii, datowanych przez historyków sztuki na koniec XII w. Malowidła przedstawiały sceny z Nowego Testamentu: Zwiastowanie, Narodzenie Jezusa, Pokłon Trzech Króli, oraz sceny z dzieciństwa Chrystusa. Niestety, na skutek przebudowy sklepienia w 1914 roku i prac zabezpieczających w 1926 roku z malowidła sufitowego pozostały tylko znikome fragmenty, które najprawdopodobniej przedstawiają Chrystusa Pantokratora. W sanktuarium znajduje się cudowny obraz Matki Bożej Dziekanowskiej, który w czasie II wojny światowej miał uchronić wieś od pewnej rzezi, grożącej za zabicie Niemca. W 1949 r. rozpoczęto przygotowania do budowy nowego kościoła, który ostatecznie zbudowano w latach 1960-66, wtedy też ówczesny Metropolita Krakowski, abp. Karol Wojtyła uroczyście poświęcił nowo wybudowaną świątynię. Przeniesiono tu słynący łaskami Wizerunek Matki Bożej Dziekanowskiej. Obraz Matki Bożej Dziekanowskiej pochodzi z XVII w. Wiadomo, że jest dziełem nieznanego artysty z tzw. szkoły krakowskiej. W każde wakacje w sanktuarium odbywają się rekolekcje dla chorych, by uczestniczyć w Nieustającej Nowennie do Matki Bożej Dziekanowskiej.